چهار سال پس از راه اندازي رشته هاي فيزيك و رياضي در مقطع كارشناسي و با توجه به رشد تعداد دانشجويان اين دو رشته و نياز به راه اندازي ساير رشته هاي حوزه علوم پايه در سال 1380 به پيشنهاد اعضاي هيئت علمي و خواست رياست فقيد دانشگاه قم ،دانشكده علوم پايه راه اندازي شد . اولين كرسي رياست دانشكده علوم پايه توسط آقاي دكتر جعفر محمودي اداره و بعد از توسعه چشمگير آزمايشگاه هاي فيزيك و راه اندازي اولين آزمايشگاه تحقيقاتي و راه اندازي رشته علوم كامپيوتر، در سال 1387 مسئوليت را به دكتر حسن پهلواني تحويل دادند. دكتر پهلواني با جديت و همت فراوان رشته هاي زيست شناسي و شيمي و آمار را راه اندازي و اقدام به جذب هيئت علمي و ساخت آزمايشگاه هاي مربوط به اين دو رشته نمودند. پس از ايشان رياست دانشكده به مدت 4 سال بر عهده آقاي دكتر بردبار بود و در سال 1397 مسئوليت خطير رياست دانشكده علوم پايه تحويل آقاي دكتر سيد احمد فقيهي از گروه رياضي شد.